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Revista INSPILIP - V 5 - Número 3 - Septiembre 2021
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De Mora D. et al. Primer Plan
Operativo para la Vigilancia
Genómica Sistemática y Rutinaria
Nacional del SARS-COV-2.
Revista cientíca INSPILIP;
2021, V. 5 Número (3)
El autor declara estar libre de
cualquier asociación personal o
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con el artículo, así como el haber
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Mgs. Doménica de Mora
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Lcda. Maritza Olmedo
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MVZ. Michelle Páez
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, kpaez@inspi.gob.ec
MVZ. Jimmy Garcés
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, jgarcez@inspi.gob.ec
Mgs. Manuel Gonzalez
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, mgonzlaez@inspi.gob.ec
Mgs. Denis Logroño, denisfabrilog@gmail.com
Mgs.Alfredo Bruno
a,b,c
, abruno@inspi.gob.ec
a. Centro de Referencia Nacional de Inuenza y otros Virus Respiratorios, Instituto Nacional de
Investigación en Salud Pública – INSPI – Dr. Leopoldo Izquieta Pérez, Guayaquil, Ecuador.
b. Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública – INSPI – Dr. Leopoldo Izquieta
Pérez, Guayaquil, Ecuador.
c. Universidad Agraria del Ecuador, Ecuador.
d. Universidad de Guayaquil, Ecuador.
Correspondencia: alfredobrunoc@yahoo.es
Identicación de la responsabilidad y contribución de los autores: Los autores declaran haber
contribuido de forma similar en la idea original (DDM, MG, DL, AB), diseño del estudio (DDM,
MG, DL, AB), recogida de datos (DDM, MG, MO, MP, JG, DL, AB), análisis de datos (DDM,
MG, AB, DL), redacción del diseño (DDM, MG, AB, DL), recogida de datos (DDM, MG, MO,
MP, JG, DL, AB), análisis de datos (DDM, MG, AB, DL), redacción del artículo (DDM, MG, MO,
MP, JG, DL, AB).
Fecha de Ingreso: 26/05/2021. Fecha de Aprobación: 30/12/2021. Fecha de Publicación: 05/01/2022.
Primer Plan Operativo para la Vigilancia Genómica Sistemática y Rutinaria
Nacional del SARS-CoV-2 en Ecuador
First operational plan for the national routine and systematic genomic
surveillance of SARS-CoV-2 en Ecuador
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DOI: https://doi.org/10.31790/inspilip.v5i3.232
Reseñas y notas:
Acceso abierto
Abstracto
Citación
El 30 de enero de 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS)
declaró emergencia de salud pública de importancia internacional, debido
al incremento vertiginoso de personas afectadas por un nuevo coronavirus
denominado SARS CoV-2. El 11 de marzo de 2020, tras su diseminación
global, se estableció como pandemia. Posteriormente, se reportó a nivel
internacional la aparición de nuevas variantes que implican escenarios
epidemiológicos complejos para los que se requiere mantener sistemas de
vigilancia genómica operativos, activos y robustos que permitan monitorizar
la evolución de la pandemia a nivel mundial y de la epidemia en cada país
1, 2.
La vigilancia mundial de las secuencias genéticas del SARS-CoV-2 sirve
de apoyo a la respuesta ante la pandemia de COVID-19. Además, facilita
el seguimiento de la propagación geográca y temporal del SARS-CoV-2,
la pronta detección y evaluación de mutaciones que puedan inuir en la
capacidad patogénica, la transmisión del virus o en las medidas de respuesta
adoptadas (medidas no farmacológicas, vacunas, el tratamiento y las pruebas
diagnósticas)
3, 4.
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En Ecuador, el 29 de febrero de 2020, el INSPI como
Laboratorio de Referencia Nacional, en coordinación
con el Centro Nacional de Enlace (CNE) del MSP,
noticó el primer caso de COVID-19 en el país y
el segundo en anunciar ocialmente en Sudamérica
la introducción del virus en la región; para aquel
entonces fue el primer laboratorio en Sudamérica
en implementar la técnica para la detección, gracias
al apoyo brindado por la OPS/OMS al Centro
Nacional de Inuenza en el Ecuador. A partir de
esa fecha, se presentó una rápida diseminación del
virus en el territorio ecuatoriano y las autoridades
nacionales implementaron una serie de medidas
sanitarias, sociales, económicas, así como de
seguridad para controlar y mitigar la presencia
del virus. Posteriormente, se iniciaron en el país
estudios de genoma completo del virus, por parte
de instituciones académicas e instituciones públicas
y privadas que reportaron la presencia de variantes
de preocupación e importancia en salud pública
introducidas. En este contexto, el país ha realizado
esfuerzos en las diferentes áreas para continuar
con el proceso de vigilancia genómica que permita
comprender de mejor manera la evolución, dinámica
de transmisión y comportamiento del virus a través
del tiempo, información necesaria para determinar
estrategias de mitigación de la propagación del
virus por parte de las autoridades nacionales. Hasta
el 24 de mayo de 2021, según clasicación de la
OMS (3), las variantes de preocupación (VOC)
y variantes de interés (VOI) son las siguientes:
Nota:
Cabe mencionar que las variantes aquí descritas
están sujetas a cambios y modicaciones acorde
al comportamiento virológico y la designación
realizada por el comité de expertos de la OMS.
En función de la presencia de variantes
de preocupación e interés que se evidencian
constantemente, así como la tasa de evolución y
adaptación del virus, se propone por primera vez
en Ecuador el siguiente Plan de Operatividad de
la Vigilancia Genómica Sistemática y Rutinaria del
SARS-CoV-2, denominada así por los autores de la
presente publicación, considerando la necesidad de
implementar un Sistema Nacional de Vigilancia
Genómica que realice y reporte de manera frecuente
el monitoreo de cambios genéticos, mutaciones que
presenta el virus y se efectúe como una técnica
microbiológica más dentro del portafolio de
servicios que brindan los laboratorios de referencia,
laboratorios de salud pública o las instituciones
públicas o privadas. Esta información será vital para
la toma de decisiones por parte de las autoridades
nacionales de Salud, así como incrementar el
número de secuencias disponibles para autoridades
nacionales y la comunidad cientíca internacional
a través de la publicación del 90 al 100 %
de las secuencias obtenidas en la plataforma GISAID.
El presente plan presenta los siguientes objetivos:
• B.1.1.7
• B.1.351
• P.1
• B.1.617
• B.1.525
• B.1.427/B.1.429
• B.1.1.28.2, alias P.2
• B.1.1.28.3, alias P.3
• B.1.526 con E484K o S477N
• B.1.616
VARIANTS OF CONCERN (VOC)* VARIANTS OF INTEREST (VOI)*
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articulación estrecha entre el Centro de
Referencia Nacional y la Dirección Nacional de
Vigilancia Epidemiológica del MSP, así como
las otras instituciones que forman parte de la red.
Los criterios de selección de muestras se
establecen con base a estrategias de muestreo por
conveniencia y muestreo aleatorio de diagnóstico
residual para selección de muestras de SARS-CoV-2
considerando: diferentes grupos de edad, unidades de
salud que presenten incremento de noticación del
50-100 %; otras provincias o ubicaciones geográcas
dentro del país, relacionadas a un crecimiento
exponencial de casos que no ha sido explicado
por el relajamiento de medidas; períodos con
reporte irregular de incremento exponencial de
casos; gravedad inespecíca: casos graves y fatales
(considerar indicadores hospitalarios); grupos de
casos graves en personas < 60 años y sin condiciones
subyacentes; aumento de la incidencia de casos
pediátricos; casos en con sospecha de reinfección
con SARS-CoV-2; casos en personas completamente
inmunizadas; personas procedentes de países donde
están circulando las variantes de SARS-CoV-2 de
preocupación (VOC) y de importancia de salud
pública (VOI); interfaz humana-animal (sitios donde
se hayan detectado casos en animales) o potenciales
casos de origen zoonótico); comportamiento inusual
de pruebas diagnósticas de COVID-19 determinadas
por laboratorios que forman parte de la red pública
integral de salud (5,6). Motivo por el cual se
deberá considerar analizar la severidad causada
del virus en la población mediante: porcentaje de
hospitalización, porcentaje de ingreso a UCI, así
como porcentajes de positividad, índice reproductivo
efectivo, demografía por provincias para
complementar el proceso de selección de muestras.
Con respecto al tipo de muestra y condiciones
adecuadas, la muestra a elección será de hisopado
nasofaríngeo, sin embargo, se podrán tomar muestras
de origen respiratorio asegurando una buena
calidad de toma de muestra (aspirado traqueal,
lavado bronco- alveolar). En caso de pacientes
fallecidos, las muestras de tejido pulmonar o del
tracto respiratorio también pueden considerarse
útiles, siempre que existan las condiciones apropiadas
para realizar la autopsia, particularmente, la
protección respiratoria. Estas muestras deberán
colocarse en medio de transporte viral, asegurando
la cadena de frío o en conservadores de DNA/RNA
que permitan estabilizar su material genético. Las
1.-Caracterizar los patrones de circulación a nivel
nacional para la detección de las variantes del
SARS- CoV-2 de importancia en salud pública y
generar conocimiento esencial para complementar la
vigilancia epidemiológica y virológica.
2.-Generar datos virológicos que permitan comprender
los patrones de evolución y de dispersión del
SARS-CoV-2 en el país, así como el impacto en el
comportamiento epidemiológico de la COVID-19 y
en las medidas de salud pública que se adopten para el
control de la enfermedad.
3.-Coordinar e integrar los datos nacionales provenientes de
diversos laboratorios con capacidad de secuenciación,
proporcionando un enfoque en salud pública.
4.-Aprovechar la infraestructura existente de laboratorios
que realizan secuenciación en articulación con la
salud pública y la academia, para ampliar la
capacidad de respuesta del Sistema de Vigilancia
Genómica del SARS CoV-2.
La metodología que se utilizará se divide en fases:
primero se realizará la socialización del Plan
Operativo de la Vigilancia Genómica Sistemática
Rutinaria del SARS-CoV-2; se identicarán las
instituciones en el país con capacidad de secuenciación
masiva para el SARS-CoV-2 a través del envío
de la información de contacto al INSPI; reuniones
técnicas, mesas de trabajos virtuales o presenciales
y el reporte constante de variantes detectadas a
través de los canales ociales. Los integrantes
de la Red de Vigilancia Genómica Ssistemática
y Rutinaria Nacional del SARS CoV-2 son:
establecimientos de salud sin capacidad de
realizar pruebas de RT-PCR en tiempo real para
la detección de SARS-CoV-2; establecimientos
de salud con capacidad de realizar pruebas de RT-
PCR en tiempo real para la detección de SARS-
CoV-2, pero sin capacidad de secuenciación;
laboratorios que cuenten con capacidad de realizar
la secuenciación genómica (públicos, privados o la
academia), de los distintos sectores involucrados
y que hayan manifestado su voluntad de participar
de la Red de Vigilancia Genómica Sistemática y
Rutinaria Nacional del SARS-CoV-2; Laboratorio de
Referencia Nacional (Centro de Referencia Nacional
de Inuenza y Otros Virus Respiratorios NIC/INSPI).
La vigilancia genómica sistemática y rutinaria
nacional de SARS-CoV-2, integrada a la vigilancia
epidemiológica de COVID-19, se propone una
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muestras deben mantener una constante cadena de
frío durante un determinado tiempo; si estas no se
pueden enviar durante este período se recomienda
congelarla hasta su envío. Para este tipo de estudio
se evitará someter la muestra a múltiples ciclos de
congelación-descongelación, ya que ocasionaría la
degradación del ARN viral y afectaría su calidad. La
muestra deberá acompañarse de su respectiva cha
epidemiológica con solicitud de determinación de
variantes validada acorde a los criterios descritos
anteriormente. Se recomienda obtener un número
de 100 muestras de SARS-CoV-2 por mes a nivel
nacional conforme a las capacidades del laboratorio
y a los criterios antes mencionados. El tiempo de
respuesta para los resultados de secuenciación es
de aproximadamente de 3 a 15 días laborables
7
.
Los virus poseen la característica biológica
de cambiar o evolucionar a través del tiempo,
se considera un proceso esperado. Hasta ahora, se
han identicado cientos de variaciones del SARS
-CoV-2 en todo el mundo. Desde la caracterización
genómica inicial del SARS-CoV-2, el virus se ha
dividido en diferentes grupos genéticos o clados. La
ocurrencia de mutaciones, silenciosas o no, es un
evento que debe ser analizado mediante adecuadas
herramientas bioinformáticas y personal con
experiencia debidamente capacitado. De hecho,
algunas mutaciones especícas denen genéticos
virales que circulan actualmente a nivel mundial
y podrían impactar en su nivel de transmisibilidad,
epidemiología e incluso en la letalidad
8
.
La vigilancia genómica sistemática y rutinaria
nacional de SARS CoV-2 tiene la nalidad de
fortalecer las estrategias para el manejo de datos
genómicos en el sistema de salud integrado, a través
de un ujo de noticación con nes de salud pública,
siguiendo los protocolos del Reglamento Sanitario
Internacional, comités de ética y demás normativas
legales vigentes establecidos para este n; y no
tiene como objetivo bajo ningún concepto incidir
en el tratamiento clínico o diagnóstico del paciente.
Cabe destacar, la participación interinstitucional de
diversos actores de los laboratorios públicos, privados,
la academia, otras instituciones y organizaciones que
cuenten con la capacidad para realizar secuenciación
masiva, generando mayor información que permitirá
comprender de mejor manera la evolución del virus
en el país; hasta la presente fecha, instituciones
académicas junto con el INSPI han articulado
esfuerzos con el MSP y otras instituciones
públicas, contribuyendo en la identicación
de variantes de SARS-CoV-2 existentes y
que seguirán apareciendo a través del tiempo.
Otro producto de este Sistema de Vigilancia
Genómica es permitir aprovechar la infraestructura
existente de los diversos laboratorios públicos y
privados con la nalidad de integrar y analizar datos
genéticos nacionales de la circulación de variantes
del virus SARS -CoV-2 de una manera sistemática
y oportuna con un enfoque de información
que permita ejecutar medidas de salud pública.
En este contexto, con base en la importancia
de articular esfuerzos en benecio de la salud
pública del país, el INSPI invitó a las instituciones
públicas, privadas y la academia con capacidad
de secuenciación que se encuentren realizando
identicación de variantes a través de proyectos
de investigación, convenios u otras colaboraciones
nacionales e internacionales, para que formen
parte de la Red de Vigilancia Genómica Nacional
Sistemática y Rutinaria del SARS-CoV-2, con la
nalidad de vincular la información generada en un
solo Sistema de Vigilancia Genómica integral. Para
así comprender de mejor manera la dinámica de
transmisión del virus, lodinámica y su evolución
molecular, convirtiéndose en una herramienta
epidemiológica muy útil en el seguimiento de la
infección durante la emergencia sanitaria en
el territorio ecuatoriano y en el contexto global.
En consecuencia, aporta con datos robustos de
vital importancia para fortalecer la vigilancia
epidemiológica del virus, a nivel del país y a las
medidas de salud pública necesarias, que permitirán
la toma de decisiones oportunas por parte de las
autoridades nacionales en el manejo de la pandemia
de la COVID-19. En denitiva, los laboratorios
podrán realizar la secuenciación de muestras acorde
a los criterios establecidos en el Plan Operativo para
la Vigilancia Genómica Sistemática y Rutinaria
Nacional del SARS-CoV-2 y esta información
sea reportada lo más pronto posible a las
autoridades nacionales de Salud, así como a la
plataforma GISAID, con la nalidad de que
la comunidad cientíca nacional e internacional
pueda acceder al comportamiento genético del
virus en el país, en la región y acorde a los
procedimientos descritos en el Reglamento Sanitario
Internacional, considerando que el Ecuador forma
parte de la Red Regional de Vigilancia Genómica de
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COVID-19 de la OPS/OMS.
Financiación: Fondos propios.
Conictos de interés: Los autores declaran no tener
conictos de intereses.
Bibliografía:
1. Organización Mundial de la Salud. Declaración sobre
la segunda reunión del Comité de Emergencias del
Reglamento Sanitario Internacional (2005) acerca
del brote del nuevo coronavirus (2019- nCoV).
30 de enero de 2021. Disponible en: https://www.
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3. OMS, 2021 https://www.who.int/en/activities/
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SA RS-CoV-2.pdf
7. Organización Panamericana de la Salud. Directrices
de laboratorio para la detección y el diagnóstico de la
infección por el virus responsable de la COVID-19, 8
handle/10665.2/52471.
8.GISAID initiative. Disponible en:https://www.gisaid.
org/